Joachim Carlos Martini, est né de parents allemands à Valdivia au Chili en 1931. Au retour de la famille en Allemagne en 1938, il poursuit ses études à Berlin, en Prusse occidentale et dans le Schleswig-Holstein. Plus tard, il étudie la philosophie, l'allemand, l'art et la musique dans les universités de Goettingen et Francfort, et devient professeur d'université.

Sous l'influence personnelle et philosophique de Theodor W. Adorno, qui sera son ami même ses études terminées, et motivé par un amour profond de la musique, J.C. Martini s'engage dans une formation musicale additionnelle, à côté de son activité principale d'enseignant. A l'issue de deux trimestres d'études, il réussit l'examen choral de l’Ecole de Musique Religieuse à Francfort.

En 1958, il prend la direction du choeur universitaire de l’Université Goethe à Francfort et établit sa réputation par ses interprétations d'oeuvres religieuses, plus particulièrement de l'époque romantique. En 1961 il crée, avec Franz Eitel, le choeur de l’Ecole Hesse. Ce choeur, ainsi que le choeur universitaire, sera absorbé en 1968 par la Junge Kantorei, que depuis lors, J.C. Martini dirige avec passion.

Aidé de Judith Freise, J.C. Martini a fondé à Francfort des archives pour la musique réprimée durant la période nazie. Il écrit des biographies, entreprend des recherches sur les travaux de musiciens juifs et organise plusieurs expositions sur leur persécution par Hitler ; d'abord à Francfort, Wiesbaden, Leipzig et Erfurt puis à Strasbourg et à Chicago. A côté des expositions, les oeuvres de compositeurs juifs, hommes et femmes, depuis longtemps oubliés, sont interprétées par la Junge Kantorei comme l'expression musicale de la résistance intellectuelle.

J.C. Martini, avec la Junge Kantorei, a enregistré des oeuvres de G.F. Haendel (edités chez Naxos) qui ont été chaudement accueillies et louées par la critique.